另外，王府的水师也一分为二，留下了五千余人，暂时以天海城为基地成立第二舰队，由高佑民为统领，瓦罗斯为参谋，协助陆军新编第一师防护吕宋群岛的核心天海城；而剩余的七千多主力，则返回陵水基地，与琼州岛的剩余水师合编为第一舰队，由白寒枫、施琅、戚振北、罗大柱、李前进（吕宋李家子弟）等人统领，开始进行大规模集训，为下一步的军事行动作准备。
调整过后，王府大军就划分为三大块，各部职责分明，为以后的各项行动理清了头绪，也基本奠定了沐家军以后的结构组成，后来虽然陆续扩张，但是基本上都延续了这种架构。
这次的大整顿之后，沐王府在琼州岛上集中的军队总共增加到三万六千多人，其中水师近万人，陆军两万七千多人，已经能够满足以后征伐台湾所用，达到了可以随时出征的目的。而吕宋岛上虽然留守兵力偏少，不过由于多是精锐，而且沐剑声下令暂时收缩防线，以天海城等要点为主要防区，因此显得绰绰有余。
由于王府那一次的阅兵太过震撼，大大震慑了周围的宵小，沐剑声相信在一半年甚至三两年之内，四周的这些人都不敢有什么非分的想法，而自己就需要借助这时间，设法迅速的平定台湾。除了调集军队之外，沐剑声还从吕宋调集了大批的粮食在琼州储存了起来，另外又把这一年多里积累的火药也运到尖峰岭仓库，打仗主要消耗的东西就是粮食和弹药，有了这两样东西，沐剑声的腰杆立马挺了许多。
此番沐剑声北上，考虑到要稳固后路，需要始终与沧海国袁承志一方搞好关系，就留下了以李西华主军，钱忠主政，傅山、顾炎武、纪彬、石影等人为辅的话事之人，外加吕宋各家族之人，一起守护吕宋；此外归氏夫妇也留守王城，守护王城核心总督府，在军力上除了五千水师和新一师一万多精锐士兵，另外还有南少林、南崆峒等门派的高手为外援，这样的力量，已经足以自保。
而在政事方面，由于前期沐剑声已经将各方面事项都已经理顺，后续无论谁来主管，只要萧规曹随即可，再加上在军校有不少的参谋型人才，可以给他们提供很好的计谋补充，只要众人齐心协力下，稳守住吕宋的发展现状，应该是绰绰有余。
在听说了沐剑声即将要回归琼州岛的消息，吕宋各家族也为了大表忠心，于是随行除了有一干亲卫和随行王府臣属外，不少的吕宋弟子也加入亲卫营随行历练；另外袁承志长子袁随云，他手下的大将朱安国、沙天广，二弟子姜南枫以及两千名沧海国精兵也一路同行出征，也算是兑现了结盟时的承诺。
此外那位新婚不久的袁紫烟，因为羡慕几位姐姐都子女环膝，一再
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